Грамотность не имеет никакого отношения к тому, к какому роду относится слово кофе. Кроме плоской буквы орфографических правил, существует еще живой дух.
Кофе мужского рода - это нонсенс для русского языка. Живая речь совершенно правильно выправляет его на средний.
Осталось дождаться, когда уже в словари занесут человеческие жури, брошуру и парашут вместо анекдотических жюри, брошюра и парашют и уберут слова-исключения на цы-.