Я никогда не видел первый вариант. Когда имеется в виду "I miss you", я слышу только второй.

По результатам Google, мне кажется, что некоторые действительно говорят "я тебя скучаю". Это удивительно; для меня эта фраза звучит, как будто один человек делает, чтобы другому человеку было скучно.