Нет, все это не работает. Автобусом, троллейбусом, трамваем, маршруткой, самолетом, вертолетом - ОК.

Может быть, творительный работает только для каких-то транспортных служб.

Хотя метро и такси - не работает. Но это, наверно, потому, что они несклоняемые. Если бы можно было говорить "метром" и "таксом", то работало бы. И если лодка регулярно ходит по какому-то маршруту, то можно и лодкой.