Here it is prepositional:
Я еду домой в/на машине.
Here both prepositions are possible with some difference: "Я еду домой в машине" means more like "I am moving towards home inside the car", while "на машине" = "by car".
Where are you right now? - Где ты сейчас? - Я еду домой в машине.
How do you get home usually? - Как ты обычно добираешься домой? - Я езжу домой на машине.
Though sometimes in such constructions instrumental is also possible: "Я добираюсь домой автобусом." But на+Prepositional is preferable anyway.