Термин "уничтожать" говорит о намерении, а не об одушевленности и человечности объектов. Если цель нападающего - уничтожение, то и говорят "уничтожили". "Убит" может быть случайно, "уничтожен/ликвидирован" - намеренно.

Вот пример:

Холоко́ст — массовое уничтожение евреев в Германии во время Второй мировой войны; систематичное преследование и уничтожение европейских евреев нацистской Германией и коллаборационистами на протяжении 1933—1945 годов.
Нацисты намеренно истребляли евреев, это была их цель.

Холокост — Википедия

Не исключено что в рапорте может прозвучать формулировка - все наши внедренных агенты были ликвидированы (бандитами). Убиты агенты могли быть случайно, в перестрелке.