[...] убийства генерала Л. Рохлина, готовившего смещение ельциновского режима и сумевшего объединить в этих целях многих офицеров и генералов, в том числе занимавших ответственные посты в тогдашних силовых структурах [...]
Верю.

намека на организацию В. Путиным [...] затем остановились на чекисте «с холодными рыбьими глазами», способному на все
Не верю. Таким людям могут пообещать что угодно, а потом их убирают.

И вряд ли случайно, что фактически сразу же после убийства Рохлина, главу тогдашнего ФСБ Ковалева ночью подняли с постели и в спешном порядке, всего в течение 20 минут, заставили в соответствии с Указом Президента передать свои полномочия вновь назначенному В. Путину.
Вряд ли случайно, но рискну предположить, что Путина назначили за другие заслуги. А вот Ковалёв, возможно, полетел именно из-за неспособности предотвратить убийство Рохлина и/или как соучастник [возможного] заговора.