В июне 2000 «Яблоко» и Союз правых сил подписали соглашение "О мерах по объединению политических общественных организаций СПС и «Яблоко». Стороны договорились о таких направлениях сотрудничества, как выдвижение на следующих думских выборах единого списка кандидатов; поддержка на всех региональных и местных выборах единых согласованных кандидатов; принятие мер к созданию объединённых организаций на местах; определение организационно-правовой формы будущей единой коалиции; создание Объединённого политического совета.
.......
Камнем преткновения стало предложение СПС о выдвижении единого кандидата от демократических сил на президентских выборах 2004. Реакция «Яблока» была негативной. СПС предложил определить кандидата на основе итогов парламентских выборов, рассматривая их как рейтинговое голосование. «Яблоко» отказалось, предложив перенести решение этой проблемы на Демократическое совещание с участием широкого круга различных общественных организаций и гражданских инициатив и оценивать рейтинг кандидатов на основе послепарламентских социологических исследований, заказанных различным институтам.
В ответ на инициативы СПС «Яблоко» стало настаивать на том, чтобы прежде всего определиться по программным позициям — например, определить отношение к предложенной Правительством реформе РАО «ЕЭС» России. Но СПС такая проблематика переговоров не устраивала. Нежелание «Яблока» идти на союз с СПС на его условиях снова вызвало негативную реакцию в прессе.
В ноябре 2002 «Яблоко» отказалось от идеи совместных предвыборных списков с СПС. В итоге к концу 2002 отношения между партиями снова переросли в серьёзный конфликт, а планы развития сотрудничества между ними были фактически сорваны.
Руководство «Яблока» переориентировалось на укрепление партнёрских связей с другими демократическими организациями, гражданскими инициативами и отдельными общественными деятелями демократического толка в рамках Демократического совещания, идея которого была выдвинута Явлинским ещё весной 2000.
В январе 2003 «Яблоко» предложило для обсуждения проект объединительной платформы для демократов — Хартию новой демократической коалиции. Общие принципы «Хартии» направлены на построение в России демократического правового государства, реально обеспечивающего права и свободы человека; цивилизованной современной рыночной экономики европейского типа; гражданского общества; справедливой системы социальной защиты.