Быть в теме and быть в курсе can be used interchangeably.

Ты знаешь что-нибудь насчет ситуации на Украине?
- Нет, я не в курсе.
- Нет, я не в теме.
Both mean the same.

Though "быть в теме" can also mean "to be engaged in a project" like:

Эй, мы на природу собрались, на тебя пиво брать?
- Да, я в теме.
- Да, я в деле.
Both mean the same too.

- Да, я в курсе (I know) что вы собрались по пиву вдарить, но я сегодня не в теме, у меня родственники из Уфы приехали, не могу пойти.