Если речь идет именно о названии, а не о доменном имени, то названия на -А нужно склонять по образцу существительных первого школьного склонения: на Грамоте.Ру, но по адресу http://www.gramota.ru.
Разнобой возникает с существительными второго склонения, ср.: на "Яндексе", но на Мейл.Ру (не на Мейле.Ру).

Интересно...в английских учебниках русского языка, существительные как Грамота (или книга) называется вторыми склонениями а такие как Яндекс (или стол) называется первыми склонениями.