I don't always understand when to use the first "prefix" of the verbs...

For instance:

(Thank you for doing this)
спасибо что вы это делали
спасибо что вы это сделали
What is really the difference between these sentences...?
They translate into the same thing in all languages that I know.

What about:

(I am going to Moscow)
Я поеду в Москву.
Я еду в Москву.
What is the difference?