Есть у меня подозрение, что shop был заменён на store в связи с развитием новых форматов торговли. У нас тоже появились магазины новых форматов (Лента, Окей и т.д.). В письменной речи их называют гипермаркетами. Но в разговорной речи они остаются магазинами.
А вообще store - это от хранить? То есть магазины в США развиваются в сторону магазина-склада? Прикольно то, что магазин - это тоже "склад" (персидское). А до магазина у нас была "лавка".