1. Я долго не видел тебя в аське.
I haven't see you on ICQ for a long time
2. How do you plead?
Признаете ли Вы себя виновным?
3. Gunfire in the cell bay!
I do not know what a cell bay is. With that said:
Выстрелы в cell bay!
4. We've been using it!
Мы это уже и так используем
Informal variation #1 out of 3597863792735: Эту фигню мы уже пользуем

5. Am I to assume you are the expert?
Oh, I don't know about "expert".
Мне что, надо представить тебя/Вас экспертом?

6. I've been able to study.
Я смог заниматься

7. He got away?
Он вырвался/убежал/слинял?

8. Do we have a bargain, Dr. Jamba?
Мы договорились, Доктор Жамба?

9. 'cause all we have is-is stinkin' tuna!
Потому, что всё чё у нас есть это несчастная туна

10. Does this look infected to you?
Тебе кажется это заражено?

11. It is coming along great
Это продвигается прекрасно

12. In case you are wondering this did not go well.
Если Вас это интересует, это не [прошло удачно] Informal: выгорело

13. You are such a pain!
Ты уже достал / достала
informal and rude: Заебал

14. People treat me different.
Люди ко мне относятся по разному

15. does not matter anyway
Всё равно
Informal: пофиг