There're 3 mobile operators in Moscow:
- МТС (Оператор связи МТС - Сотовая связь, телевидение и интернет, услуги мобильной связи частным клиентам - Москва и Подмосковье)
- Билайн (Билайн частным лицам - Продукты, тарифы и услуги - официальный сайт оператора Билайн - Москва)
- Мегафон (http://moscow.megafon.ru/)

As for me, prices are quite similar and there're no significant difference in quality or coverage.
Some of them may have some special offers, but it greatly depends on how are you going to use mobile phone - how much talking, how many sms, how many MB of internet per month.