1. What time do you have now? - не подходит , Т.к конструкция с it is. It's 5 a.m. и т.д.
2. What time is it now in your city? - нормально, можно еще What time is it now in your town? What time is it now where you live?
3. What's time in your city now? - нельзя, т.к. вопрос требует обратного порядка слов и наличия it (It is 5 a.m. - вопрос: What time is it?)

Я не носитель, но вопрос довольно простой.