Мастерская -
1. Небольшое производственное или ремонтное предприятие, а также (мн.) промышленное ремонтное предприятие. М. ремесленника. Столярная, сапожная м. Авторемонтные мастерские.
2. Помещение, в к-ром работает живописец или скульптор. М. художника.
3. Часть цеха. Инструментальная
(опять же Ожегов ))

Ателье - читай пункт 2 выше
Сейчас это слово больше используется для мастерских по ремонту одежды