Если коротко, то потому что глагол быть и потому что числительное (две). Если без числительного, то были.
Во дворе было две покрышки / Во дворе были покрышки.
У него было два сына (Чехов); / У него были сыновья.
В комнате было два окна с широкими подоконниками (Каверин); / В комнате были окна...