study

Я изучаю русский почти 5 лет и ещё я не выучил задавать этот вопрос правильо:
- What did you study in the university?
- I studieв Physics / Mathematics / Economics

Механически я спрашиваю: Что вы учились в университете?

Но это ощибка.
Думаю правильно: Чем или Чему Вы учились в университете?

Простая версия: Что вы изучали в университете?

"Я изучаю русский почти 5 лет, но ещё я не выучил как задавать этот вопрос правильно:"
"но еще не научился задавать этот вопрос правильно" is a little bit more natural.
"выучил" requires subject "book/craft/thing".
"научился" requires action "ride bycicle/whistle/play piano"
if you want to apply "выучил" to action you must place "как" (how to?) after it.

Что вы изучали в университете?
Чему вы учились в университете?
are ok.