У имен собственных, конечно, есть категория рода, и склоняются они, как обычные неодушевленные существительные.

Мужской род. Лондон / Харьков — Я еду в Лондон / в Харьков.
Женский род. Флоренция / Москва — Я еду во Флоренцию / в Москву.

Со средним родом проблема. Так и не пришло ничего в голову.

Есть еще несклоняемые имена собственные (Конго, Онтарио, Мехико) — тут с родом всё сложно. "Великое и ужасное Мехико" или "Великий и ужасный Мехико" (потому что город)?