They are sometimes synonyms.
"сейчас давай спать"
"теперь давай спать"
"сейчас уже поздно об этом думать"
"теперь уже поздно об этом думать"

But, you should choose теперь when you imply "since now on" (something's just happened):
А. "Теперь ты будешь ложиться спать вовремя"
Б. Внутренний голос ковбоя подсказывает ему: "Это ещё не конец, плюнь вождю в лицо." Ковбой послушно плюёт. "А вот теперь конец", -- удовлетворённо замечает внутренний голос.
В. "Ну вот, поели. Теперь можно и поспать".


"Сейчас" is most popular answer to the request to do something.
- Принеси лестницу, сынок!
- Сейчас, папа!