"со-" prefix here is the same as "co-" prefix in english "co-operation". It implies that both of abonents can initiate call and both of them are aware of intention to make call. It is co-call.
Compare: "Ты позвонил ему?" vs "Вы созвонились?" or "Ты созвонился с ним?".
a) Я решил устроить в субботу шашлык и позвонил другу чтобы позвать его с собой.
б) Мы договорились, что созвонимся утром субботы, чтобы уточнить детали.