"на ты" = to know something/somebody very well.
- Миш, ты сможешь решить эти уравнения?
- Конечно, я вообще с математикой "на ты"

In your context fluent refers to language level and I'd translate the sentence as:
Но это не значит быть "на ты" с языком (английским или о каком там идет речь))
или
Но это не ведет к свободному владению языком.