Действительно, компания -- менеджер как-то не употребляется.
Менеджер для меня - это всегда человек, менеджмент - это управление или группа лиц, осуществляющих управление.

Так что может быть стоит заменить везде "компания-менеджер" на "компания-администратор" или даже может быть на это?:
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A3...BD%D0%B8%D1%8F
Думаю, что для официальных документов термин управляющая компания, действительно, подходит лучше всего. Термин компания-менеджер, конечно, не употребляется. Однако я думаю, что нет ничего страшного в том, что подобное слово прозвучит в обычной, повседневной речи. Грамматически оно верное, смысл его понятен. Мы ведь очень часто при устном общении занимаемся словообразованием и не соблюдаем высокий стиль речи.

Что касается слова менеджер, то это совсем недавнее заимствование. Установившихся правил его применения нет. Поэтому давайте посмотрим, как употребляются аналогичные слова. В английском языке деятельность по управлению чем-то называется manage, а тот, кто эту деятельность осуществляет -- manager. Сравните это например с: to write - a writer, to drive - a driver. При этом, например, в русском языке словом драйвер называют обычно не водителя автомобиля (человека), а различные устройства и программное обеспечение для компьютера. Так что и слово менеджер, я думаю, может быть применено к неодушевленным объектам, например, к компании, которая осуществляет деятельность под названием manage.