Если речь идёт об изучении языка как иностранного, то одной лишь фонологии недостаточно для постановки произношения. Нужна и фонетика. Чистая акустика же ничего полезного по сравнению с фонетикой не даст.
Да, но в самом начале обучения языку на учащегося сваливается невообразимая куча информации - тут и новый алфавит, и фонетика, и грамматика, и слова учить надо. Если попытаться впихнуть сразу всю информацию об особенностях русской фонетики в голову иностранца, он, во-первых, может ничего не понять, во-вторых, запутаться, в-третьих, просто потерять интерес к продолжению занятий. Грамматику и слова можно давать постепенно, с фонетикой это сложнее. Даже для того, чтобы построить простейшую фразу на русском языке надо как минимум иметь представление о твердости - мягкости, глухости - звонкости согласных и редукции гласных, увы. Поэтому, чем меньшим будет набор фонем, описывающий фонологию языка, тем лучше, при условии, конечно, что данный набор фонем описывает фонологию языка достаточно полно.
Буква Ы называется «ы». Т. е. «ы» — это слово на букву Ы. И оно образует минимальную пару со словом «и».
Кстати, до революции эта буква называлась "еры", то есть ее название не начиналось на "ы".