Marcus дальше как раз это и написал:
Буква Ы называется «ы». Т. е. «ы» — это слово на букву Ы. И оно образует минимальную пару со словом «и».
Кроме этого есть ещё несколько географических названий и экзотических слов, обозначающих реалии других народов:
Ыгдыр (район в Восточной Турции), Ким Чен Ын и тому подобная фигня.
То есть, когда надо, [ы]—[и] в анлауте вполне противопоставляются. Но только таких случаев очень мало, и все они экзотические. Поэтому /ы/ и называют маргинальной фонемой.