1. Yes, «дело в том, что…» or «дело состоит в том, что…» is a set phrase analogous to “the concern is that…”.
2. «То есть» (often abbreviated as «т. е.») means “that is”, “i.e.”
3. The translation is correct.
«Что-то случилось ей в ней доме и так далее» is incorrect. You can not place the instrumental case (ей) after случилось without a preposition. You can say «случилось у неё дома» (happened in her house) or «случилось с ней» (happened with her).