Based on similar thinking how I will translate:
1. We should upload in our website new material -> Нам следует разместить новый матириал в нашей веб-странице (Предложный падеж)
2. We should write in our website a more attractive introduction -> Нам приходится написать более привлекательное введение в нашей веб-странице (Предложный пажеж)
3. He is responsible for inserting data of our customers (e.g. names, phones etc) in our the CRM program -> Он отвествен за введение данных клиентом (т.е. имена, телефоны и т.д.) в нашей компютерной програме (Предложный падеж)