отправившее

Hi!

I came across this sentence -> Космический зонд XXX передал снимок кометы XXX, сообщает ЕКА, отправившее зонд.

Does it mean "сообщает ЕКА, которая отправила зонд"?

Да, только которое отправило.
Агентство - среднего рода.