Тогда надо сказать по-другому:
Я сожалею что фраза "я тебя скучаю" употреблялась в прошлом.Я сожалею что употреблялась "я тебя скучаю" в прошлом.
or
Я сожалею что "я тебя скучаю" употреблялось в прошлом.
Now you regret that this phrase was used in the past. Veeeeeeery ambigue.
Like you wish it had never been used at all.
Btw never heard this phrase.
Forever yours, your picky Medved