My dictionary gives, among others, these cases of use for "наблюдать":
1) observe
2) look (after)
..............
So:
Мы наблюдали редкое явление природы - полное солнечное затмение. (наблюдали явление - Accusativ without preposition)
Мы наблюдали за щенком. (за + Instrumental)
Мы наблюдали за тем, как черепахи делят еду. (за + Instrumental again)
It clearly shows, that sometimes the verb government can vary along the meaning. Good dictionary should provide all possible occurences.
tiudavidharris, you are asking very deep questions!