Никого нет здесь кроме нас с тобой - sounds poetic, probably because of the word order

Здесь нет никого кроме нас с тобой - same phrase, more business-like

Только мы с тобой здесь is correct, and, once again, is more poetic than

Здесь только мы с тобой.

All depends on the context. If you're translating a song, go with something like

Никого здесь нет, только мы с тобой